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研究者提出LSCO潜在空间密码子优化方法,提升抗体表达预测

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AI 综述

Pfizer 等机构的 Alberto Caron 等研究者在 arXiv 发布论文,提出潜在空间密码子优化方法 LSCO。该方法把离散的密码子优化问题转化为连续优化,将序列映射到预训练 mRNA 语言模型的潜在空间中,用梯度搜索进行优化,并结合不确定性感知表达预测目标、最小自由能正则化、自然性先验和约束解码。 据论文报告,在真实湿实验获得的抗体表达数据集上,LSCO 在预测表达量方面优于基于频率的方法和深度生成基线,同时保持了合适的生物物理性质。

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报道时间线

沿着报道,了解事件的不同侧面。

10月23日
  1. arXiv cs.AI
    LSCO:基于预测器引导的潜在空间密码子优化方法,提升蛋白质表达水平

    Pfizer 等机构的研究者提出潜在空间密码子优化方法 LSCO,将离散的密码子优化问题转化为连续优化,利用预训练 mRNA 语言模型的潜在空间进行梯度搜索。方法结合不确定性感知表达预测目标、最小自由能正则化、自然性先验和约束解码。在真实湿实验抗体表达数据集上,LSCO 在预测表达量上优于频率法和深度生成基线,同时保持合适的生物物理性质。

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还没有足够的连续观测数据,暂不绘制趋势。